i n c l u d e   g r o 
 
 
 
 s e t   (   " d t " ,   . 3 8   ) ; 
 
 s e t   ( " p o p u l a t i o n _ m a x " , 2 5 0 0 ) ; 
 
 
 
 c h e m o s t a t   ( t r u e ) ; 
 
 s e t   (   " c h e m o s t a t _ w i d t h " ,   8 0 0   ) ; 
 
 s e t   (   " c h e m o s t a t _ h e i g h t " ,   8 0 0   ) ; 
 
 / / / / / / / / / / / / / / g l o b a l   t i m e   v a r i a b l e 
 
 / / r   : =   [ t : =   0 ] ; 
 
 / / t r u e   :   { r . t   : =   r . t   + d t ; } ; 
 
 / / 
 
 / /   N E E D :   M 1 3   d i f f u s i o n ,   c r e a t i o n ,   d e g r a d a t i o n   r a t e 
 
 k 1   : =   . 6 9 ;   / /   M 1 3   d i f f u s i o n   r a t e 
 
 k 1 1 : =   . 6 6 ;   / / S e n s e   d i f f u s i o n   r a t e 
 
 k 2   : =   . 0 3 5 ;   / /   M 1 3 ,   d e g r a d a t i o n   r a t e 
 
 k 2 2 : =   . 0 8 5 ;   / /   s e n s e   d e g r a d a t i o n   r a t e 
 
 k 3   : =   1 ;     / /   s e n s e   e m i s s i o n   r a t e 
 
 k 4   : =   . 0 6 ;   / /   c e l l   d e a t h   r a t e 
 
 k 5   : =   2 ;   / /   p r o b i o t i c s   p h a g e   e m i s s i o n   r a t e 
 
 k 6   : =   1 ;   / /   a b s o r p t i o n   r a t e 
 
 k 7   : =   . 0 0 3 ;   / /   p r o b i o t i c s   n o r m a l   d e a t h   r a t e   ( c o n t r o l l e d   i n   t h e   a b s e n c e   o f   C h o l e r a ) 
 
 k 8   : =   . 0 0 1 ; / /   p r o b i o t i c s   d e a t h   r a t e   i n   t h e   p r e s e n c e   o f   C h o l e r a 
 
 
 
 / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / 
 
 
 
 M 1 3   	 : =   s i g n a l   (   k 1 ,   k 2   ) ; 
 
 S e n s e 	 : =   s i g n a l   (   k 1 1 ,   k 2 2   ) ; 
 
 / / / / / / / / / C H O L E R A E   P O P U L A T I O N / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / 
 
 p r o g r a m   c h o l e r a e ( )   : = 	 { 
 
 	 s e t   ( " e c o l i _ g r o w t h _ r a t e " ,   0 . 0 2 ) ; 
 
 	 t r u e   : 	 { 
 
 	 	 e m i t _ s i g n a l ( S e n s e , k 3 ) ; 
 
 	 	 a b s o r b _ s i g n a l ( M 1 3 , k 6 ) ; 
 
 	 } ; 
 
 	 r a t e ( k 4 * g e t _ s i g n a l ( M 1 3 ) )   :   { d i e ( ) ; } ; 
 
 r   : =   [ t : =   0 ] ; 
 
 t r u e   :   { r . t   : =   r . t   + d t ; } ; 
 
 } ; 
 
 / / / / / / / / / E N D   O F   C H O L E R A E   S I M U L A T I O N / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / 
 
 
 
 / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / 
 
 s e t   (   " e c o l i _ d i v i s i o n _ s i z e _ m e a n " ,   1 . 7   ) ;   
 
 s e t   (   " e c o l i _ d i v i s i o n _ s i z e _ v a r i a n c e " ,   0 . 0 1   ) ; 
 
 
 
 / / / / / / / / / P R O B I O T I C S   P O P U L A T I O N / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / 
 
 
 
 p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( )   : = 	 { 
 
 	 g f p   : =   1 0 0 0 ; 
 
 	 r a t e   ( 9 0 0 )   : 	 { 
 
 	 	 g f p   : =   g f p   +   1 ; / / t o   c o l o r   p r o b i o t i c s   g r e e n   t o   d i f f e r e n t i a t e   b e t w e e n   2   p o p u l a t i o n s 
 
 	 } ; 
 
 	 p   : =   [   m o d e   : =   0 ,   N   : =   0 ,   L   : =   0   ] ; / / t o t a l   n u m b e r   o f   c e l l 	 	 
 
 
 
 / / / / / / / / / / / / a b s e n t   o f   C h o l e r a e / / / / / / / / / / / / / / / 
 
 	 p . m o d e   =   0   :   { 
 
 	 	 s e t   ( " e c o l i _ g r o w t h _ r a t e " ,   . 0 0 0 0 0 0 0 1 ) ;   / /   P r o b i o t i c s   p o p u l a t i o n   d o e s   n o t   c h a n g e 
 
 	 } 
 
 	 
 
 / / / / / / / / / / / / p r e s e n t   o f   C h o l e r a e / / / / / / / / / / / / / / / 
 
 	 p . m o d e   =   0   &   g e t _ s i g n a l   ( S e n s e )   > 0 . 1   :   { 
 
 	 	 p . m o d e   : = 1 ; 
 
 	 } 
 
 	 p . m o d e   =   1     :   { 
 
 	 	 s e t   ( " e c o l i _ g r o w t h _ r a t e " ,   . 0 0 0 0 0 0 0 1 ) ;   
 
 	 	 e m i t _ s i g n a l ( M 1 3 ,   k 5 ) ;   / / P r o b i o t i c s   M 1 3   g e n e r a t i o n   i s   i n d u c e d   b y   C h o l e r a   s e n s o r 
 
 	 } 
 
 
 
 / / / / / / / / / / / / r e t u r n   t o   t h e   o r i g i n a l   m o d e   0   i n   t h e   a b s e n c e   o f   C h o l e r a ' s   S e n s e   s i g n a l   i f   C h o l e r a   d i e   o u t / / / / / / / / / / / / / / / 
 
 	 p . m o d e   =   1   &   g e t _ s i g n a l   ( S e n s e )   <   0 . 1 :   { 
 
 	 	 p . m o d e : = 0 ; 
 
 	 } 
 
 } ; 
 
 / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / E N D   O F   P R O B I O T I C S   S I M U L A T I O N / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / 
 
 
 
 / / i n i t i a l   p o p u l a t i o n   o f   ( 1 )   p r o b i o t i c s   =   3 6 ;   ( 2 )   c h o l e r a e   =   1 5 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 0 ,   y   : =   0 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 0 ,   y   : =   1 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 0 ,   y   : =   2 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 0 ,   y   : =   3 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 0 ,   y   : =   4 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 0 ,   y   : =   5 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 1 2 ,   y   : =   0 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 1 2 ,   y   : =   1 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 1 2 ,   y   : =   2 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 1 2 ,   y   : =   3 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 1 2 ,   y   : =   4 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 1 2 ,   y   : =   5 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 5 ,   y   : =   0 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 5 ,   y   : =   1 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 5 ,   y   : =   2 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 5 ,   y   : =   3 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 5 ,   y   : =   4 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 5 ,   y   : =   5 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 9 ,   y   : =   0 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 9 ,   y   : =   1 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 9 ,   y   : =   2 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 9 ,   y   : =   3 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 9 ,   y   : =   4 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 1 0 9 ,   y   : =   5 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 8 0 ,   y   : =   0 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 8 0 ,   y   : =   1 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 8 0 ,   y   : =   2 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 8 0 ,   y   : =   3 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 8 0 ,   y   : =   4 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 8 0 ,   y   : =   5 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 6 0 ,   y   : =   0 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 6 0 ,   y   : =   1 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 6 0 ,   y   : =   2 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 6 0 ,   y   : =   3 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 6 0 ,   y   : =   4 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   - 6 0 ,   y   : =   5 ] ,   p r o g r a m   p r o b i o t i c s ( ) ) ; 
 
 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 0 0 ,   y   : =   0 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 0 0 ,   y   : =   1 3 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 0 0 ,   y   : =   2 6 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 0 0 ,   y   : =   3 9 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 0 0 ,   y   : =   4 2 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 1 0 ,   y   : =   0 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 1 0 ,   y   : =   1 3 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 1 0 ,   y   : =   2 6 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 1 0 ,   y   : =   3 9 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 1 0 ,   y   : =   4 2 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 2 5 ,   y   : =   0 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 2 5 ,   y   : =   1 3 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 2 5 ,   y   : =   2 6 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 2 5 ,   y   : =   3 9 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 
 
 e c o l i   ( [ x   : =   1 2 5 ,   y   : =   4 2 ] ,   p r o g r a m   c h o l e r a e ( ) ) ; 